【万能求助】核酸检测误诊可能,概率论以及贝叶斯公式(原创)
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作者:漫漫长路 (等级:2 - 初出茅庐,发帖:43) 发表:2021-11-12 08:55:38  21楼
楼主,你预设的几个概率没一个对的。新加坡总人口545万(2021年6月公开数据),新冠总确诊数227681(2021/11/11新浪数据),所以估计目前患病比例为0.04. >>> 病患比例不能等同于得病的概率。 以事件A表示PCR呈现阳性,以A’表示PCR呈现阴性(事件A的补集).  PCR检测准确率数据不好找,假设一个人确实患病(设为事件C, P(C)=0.04),他做PCR呈现阳性的概率为P(A|C)=0.95.   假设一个人没有得病(C’,事件C的补集),他做PCR呈现阴性的概率为P(A’|C’)=0.95 >>> 你定义的P(A|C)和P(A'|C')其实就是Sensitivity和Specificity。对于PCR技术,怎么可能是0.95?? 太低了。对于approved PCR-based IVD就算0.99都低了。 既然预设的数据都有问题,后面的计算就不用看了。
P(C)不是患病的概率,而是随机在新加坡抽选一人,他是冠病患者的概率。
PCR的准确率0.99请给出数据来源。 我收到的诊所报告上明确写着confidence level 0.95
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作者:漫漫长路 (等级:2 - 初出茅庐,发帖:43) 发表:2021-11-12 08:56:12  22楼
我就想问下P(A|C’)=1-P(A|C)=0.05 是怎么来的?
条件概率的性质
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作者:功夫熊猫 (等级:?? - 无法无天,发帖:73387) 发表:2021-11-12 08:57:27  23楼
楼主虽然知道贝叶斯公式但是似乎不懂生物和医学原理1. PCR的结果是由cutoff cycle threshold (ct value)决定的,阴性阳性不是0 和1的关系,看看这篇科普文章就明白了。https://www.straitstimes.com/singapore/how-do-ct-values-and-serology-tests-tell-if-a-person-is-still-infectious 第二天比前一天病毒量增加,自然就会提前检测到因此结果变成阳性了。 2. 人体肯定是先有病毒,免疫系统才会产生反应生产出相应的抗体,这是需要时间的。因此PCR刚刚测出阳性抗体测试阴性很正常 3. ART的灵敏性远远不如PCR, 这也是为什么卫生部说没有症状的时候ART阳性可以直接确诊不需要再做PCR的原因。
第三点描述毫无因果啊 原因应该是art specificity很高所以假阳可能低所以不用做pcr了
3. ART的灵敏性远远不如PCR, 这也是为什么卫生部说没有症状的时候ART阳性可以直接确诊不需要再做PCR的原因。
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作者:dancingdoll (等级:2 - 初出茅庐,发帖:126) 发表:2021-11-12 09:41:18  24楼
第三点描述毫无因果啊 原因应该是art specificity很高所以假阳可能低所以不用做pcr了3. ART的灵敏性远远不如PCR, 这也是为什么卫生部说没有症状的时候ART阳性可以直接确诊不需要再做PCR的原因。
你没理解我的意思
ART灵敏度低,所以在VIRAL LOAD低,PCR阳性的情况下ART测出来可能是阴性
一旦ART测出来阳性,说明VIRAL LOAD已经很高,不需要PCR确认了
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作者:dancingdoll (等级:2 - 初出茅庐,发帖:126) 发表:2021-11-12 09:53:31  25楼
PCR测的是抗原,也就是病毒的核酸序列。不是抗体。准确的说,是RNA逆转录的cDNA。你说的第二条是完全错的。
第二条是针对楼主列出来的四个病例里面IgG, IgM测试阴性的
你没有好好看主贴吧
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作者:dancingdoll (等级:2 - 初出茅庐,发帖:126) 发表:2021-11-12 09:57:26  26楼
Sorry,可能我断句有问题。误读了楼主意思。忽略此帖。
看到了
PCR和ART测的都是病毒抗原
但是中国大使馆要求要做抗体测试(唯一要求测抗体的国家)。其实抗体测试误差比较大, 搞不好就假阳性了。很多人因此拿不到绿码登机。
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作者:Coye1214 (等级:2 - 初出茅庐,发帖:192) 发表:2021-11-12 10:35:32  27楼
如果新加坡在所有人群中普查,某人得到诊所诊断PCR呈现阳性,他真正得病的概率0.44
这个结论很可疑, PCR作为各国广泛运用来确诊标准,怎么可能PCP阳性,真正得病概率还不到50%呢?
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作者:漫漫长路 (等级:2 - 初出茅庐,发帖:43) 发表:2021-11-12 10:47:51  28楼
如果新加坡在所有人群中普查,某人得到诊所诊断PCR呈现阳性,他真正得病的概率0.44这个结论很可疑, PCR作为各国广泛运用来确诊标准,怎么可能PCP阳性,真正得病概率还不到50%呢?
这就是概率论的美妙之处,反直觉。
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作者:ESPRITEE (等级:3 - 略知一二,发帖:679) 发表:2021-11-12 10:50:03  29楼
P(C)不是患病的概率,而是随机在新加坡抽选一人,他是冠病患者的概率。PCR的准确率0.99请给出数据来源。 我收到的诊所报告上明确写着confidence level 0.95
PCR准确率是什么意思? Confidence level 0.95又指的是什么?
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作者:漫漫长路 (等级:2 - 初出茅庐,发帖:43) 发表:2021-11-12 13:04:17  30楼
PCR准确率是什么意思? Confidence level 0.95又指的是什么?
置信水平吧, 和confidence level一样
因为我们做出决策的依据是一个样本,在本例中也就是某人去诊所做核酸检测得到的数据,即使是样本数据呈现阳性,但这个人实际是阴性的可能性仍然存在,这种可能性是无法消除的,我们只能控制犯这种错误的范围。
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作者:tiantang (等级:2 - 初出茅庐,发帖:206) 发表:2021-11-12 13:11:14  31楼
moh_qsm@moh.gov.sg 联系了新加坡卫生部,说把详细和报告情况发到这里,他们会去调查
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作者:dancingdoll (等级:2 - 初出茅庐,发帖:126) 发表:2021-11-12 13:20:32  32楼
置信水平吧, 和confidence level一样因为我们做出决策的依据是一个样本,在本例中也就是某人去诊所做核酸检测得到的数据,即使是样本数据呈现阳性,但这个人实际是阴性的可能性仍然存在,这种可能性是无法消除的,我们只能控制犯这种错误的范围。
好好养病吧,别想太多
PCR阳性的意思就是可以肯定你被感染了
PCR阴性的意思只是此时此地测不出来你感染了

人体很奇妙,不是一个简单的概率公式可以算出来的
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作者:yayayayayaya (等级:3 - 略知一二,发帖:3127) 发表:2021-11-12 13:32:10  33楼
这里出阳性报告不想你说的那么简单和粗暴
如果ART+, ct value 30以下,可以确诊。ct30以上,反复测试。
没有ART结果,ct25以下出阳性报告,25以上反复测试。
lab一般设置的ct cut off value比厂家自带的positive control的ct value 还低很多,以确保最大限度地减少假阳性。
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作者:NoGrabTaxi (等级:2 - 初出茅庐,发帖:535) 发表:2021-11-12 21:39:21  34楼
还是
再好好查查资料吧
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作者:Blzrd (等级:3 - 略知一二,发帖:5314) 发表:2021-11-12 22:58:12  35楼
楼主,我用你的公式算出了一个标准答案:95%.
就帮你改了一个参数:P(C)=0.5

P(C’)=1-P(C)=0.5

一个人确实患病即事件C应该以测试过PCR的人口为基准而不是以新加坡总人口为基准

在测试过PCR的人口中,患病C与不患病C’假设各占一半以简化计算,

所以你阳性并患病的概率是95%
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作者:功夫熊猫 (等级:?? - 无法无天,发帖:73387) 发表:2021-11-14 07:52:47  36楼
楼主,我用你的公式算出了一个标准答案:95%.就帮你改了一个参数:P(C)=0.5 P(C’)=1-P(C)=0.5 一个人确实患病即事件C应该以测试过PCR的人口为基准而不是以新加坡总人口为基准 在测试过PCR的人口中,患病C与不患病C’假设各占一半以简化计算, 所以你阳性并患病的概率是95%
楼主的概率是瞎算 目测是样本空间概率模糊所致
鉴定完毕
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作者:漫漫长路 (等级:2 - 初出茅庐,发帖:43) 发表:2021-11-19 15:26:10  37楼
楼主,我用你的公式算出了一个标准答案:95%.就帮你改了一个参数:P(C)=0.5 P(C’)=1-P(C)=0.5 一个人确实患病即事件C应该以测试过PCR的人口为基准而不是以新加坡总人口为基准 在测试过PCR的人口中,患病C与不患病C’假设各占一半以简化计算, 所以你阳性并患病的概率是95%
你是比较靠谱的
P(C)的估计确实有问题,但是不可能有0.5这么高,
按新加坡每天确诊3000人,外面还有100倍的人群患病但没有测试,算30万,加确诊22万,总数50+万,
取P(C)=0.1比较合适
重新计算P(C|A)=0.68
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作者:Blzrd (等级:3 - 略知一二,发帖:5314) 发表:2021-11-19 16:09:54  38楼
你是比较靠谱的P(C)的估计确实有问题,但是不可能有0.5这么高, 按新加坡每天确诊3000人,外面还有100倍的人群患病但没有测试,算30万,加确诊22万,总数50+万, 取P(C)=0.1比较合适 重新计算P(C|A)=0.68
你要算的是测过pcr的并且阳性的这些人确实患病的概率,
所以总样本应该是测过pcr的个体(包括确实患病C及不患病C’ )

至于没测过pcr的比如你说的没测的那100倍不管有没有患病不应该列入统计范围
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作者:漫漫长路 (等级:2 - 初出茅庐,发帖:43) 发表:2021-11-19 16:55:35  39楼
你要算的是测过pcr的并且阳性的这些人确实患病的概率,所以总样本应该是测过pcr的个体(包括确实患病C及不患病C’ ) 至于没测过pcr的比如你说的没测的那100倍不管有没有患病不应该列入统计范围
不是, 看原帖第二条,
我要估计的是如果新加坡普测,那么PCR阳性条件下真实患病的概率。
为了算这个,我需要估计整个新加坡患病人群的比例,也就是P(C).
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