十分羡慕你的目前的忧虑。

根据你自己的分析，似乎之前公司的工作更有潜力，并且更适合你的人生规划和知识背景。而目前阻碍你的是：
1）滋润的新工作，时间方面较自由
2）刚刚申请的PHD课程
3）大公司的条条框框已经和原先老板见面的尴尬

1）和3）都不是关键，需要调整的是自己的心态。所以最关键的就是是否可以在胜任前公司新职位的条件下读PHD。我猜测这可能是一个问题。

换个话题：无论将来是职业经理人还是自己做老板，处理好内外的人际关系，更好的利用手头的资源总是最关键的。所以无论是否接受前公司的机会，这一课终将是需要补上的。

我觉得目前你可以尝试了解是否有条件在读PHD的同时做好原公司的新工作。如果答案是否定的，你可能需要在其中做一个取舍。是韬光养晦，积蓄知识，还是尝试在新的工作中锻炼自己并找到自己真正的兴趣所在。