2月在德国大使馆签了申根签，3月入境德国，现在还在德国。
你的情况也应该去德国大使馆签，没什么问题的。你说的第一条是说如果只去德国或者葡萄牙2国，或任意其中1国，申根签证应该在德国大使馆办理。第二条是说，需要根据预计在目的地所待时间长短来决定去哪国大使馆办理，你的情况也是该在德国办啊。
只要手续齐全，应该没什么问题的。