suppose use PowerQuest PartitionMagic for partitioning, is it better to have one more primary partition for multiple OS?
>>>One more primary partition??????????可能吗？有不少软件允许在同一分区安装多个OS。比如Acronis OS Selector。不过我没用过。如果你的配置不错，可以考虑安装Virtual PC。

if you use NTFS feature for all the partitions, cant reboot from floppy disk when system corrupsted?
>>>可以用它启动，但是不能浏览任何分区。既然系统垮了，就得重装。有了系统安装盘，要软盘干什么？

which one is better, NTFS or FAT, to make the best use of your HDD?
>>>自然是NTFS。安全性好，而且更有效的利用空间。